労働基準法の「全額払いの原則」に反することから、一方的に修理代を差し引く（賃金と相殺）はできません。しかし、事故の修理代を損害賠償として社員に負担させるかどうかは、民事上の問題となります。仮に、企業と社員の間で個別に合意があれば、社員に強制されたものではなく、自由意思によるものである限りは、問題とはならないケースもあります。
社員が社用車を破損させたので賃金と相殺したい
当社の社員が社用車でお客様を案内中に事故を起こしてしまいました。当社敷地内の駐車場でブロックにバンパーを擦り付けたものです。バンパーの凹みも激しく、修理代が10万円ほどかかります。聞くところによると、この事故は、本人がスマホを操作しながら運転していたことによる不注意が原因です。このため、修理代については保険で補えるのですが、制裁の意味も込めて全額本人に負担してもらおうと思っています。つきましては、毎月の賃金から２万円ずつ相殺し、５ヶ月で完済させる計算なのですが、法的に問題があるでしょうか？