就業規則などに規定することが前提ですが、残業を許可制にすれば業務量が適正なもので、上司からの残業指示もなく、本人の勝手な判断による残業を黙認していなければ、企業側はそれらの社員に残業手当を支払わなくても一向に構いません。ただし、残業時間の過少申告が懸念されることから、制度導入の狙いを明確にして周知し、例えば労働時間削減などの目的に向けた具体的なアクションが必要になります。